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(一)国家税务总局个案批复：是否视为土地、房屋等权属转移，与股权转让份额、土地房屋价值在股权价值中占比相关
1.《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》(国税函〔〕号)：鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源(钦州)实业有限公司%的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。
2.《国家税务总局关于土地增值税相关*策问题的批复》(国税函[]号)：
鉴于广西玉柴营销有限公司在年10月30日将房地产作价入股后，于年12月6日、18日办理了房地产过户手续，同月25日即将股权进行了转让，且股权转让金额等同于房地产的评估值。
因此，我局认为这一行为实质上是房地产交易行为，应按规定征收土地增值税。
3.《国家税务总局关于天津泰达恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的批复》(国税函〔〕号)：
经研究，同意你局关于“北京国泰恒生投资有限公司利用股权转让方式让渡土地使用权，实质是房地产交易行为”的认定，应依照《土地增值税暂行条例》的规定，征收土地增值税。
4.《国家税务总局关于股权变动导致企业法人房地产权属更名不征契税的批复》(国税函〔〕号)：
宁波中百股份有限公司因北京首创集团受让其26.62%的股权而于年更名为宁波首创科技股份有限公司，年哈工大八达集团受让宁波首创科技股份有限公司16.62%的股权，企业再次更名为哈工大首创科技股份有限公司。
上述由于股权变动引起企业法人名称变更，并因此进行相应土地、房屋权属人名称变更登记的过程中，土地、房屋权属不发生转移，不征收契税。
(二)各地税务机关规定不尽相同，缺乏统一、明确执行口径
1.《湖南省地税局财产和行为税处关于明确“以股权转让名义转让房地产”征收土地增值税的通知》(湘地税财行便函〔〕3号)：对于控股股东以转让股权为名，实质转让房地产并取得了相应经济利益的，应比照国税函〔〕号、国税函[]号、国税函〔〕号文件，依法缴纳土地增值税。
2.青岛市地方税务局关于印发《房地产开发项目土地增值税清算有关业务问题问答》的通知(青地税函〔〕47号)规定：两个或两个以上的房地产开发企业，依据法律规定、合同约定，合并改建为一个企业，合并后的企业承受原合并各方的房地产，不征收原合并各方房地产的土地增值税。合并后的企业在转让房地产时，按照合并前原企业实际支付的土地价款和发生的开发成本、开发费用，按规定计入扣除计算征收土地增值税。
房地产开发企业依照法律规定、合同约定分设为两个或两个以上的企业，对派生方、新设方承受原企业房地产的，不征收土地增值税。派生方、新设方转让房地产时，按照分立前原企业实际支付的土地价款和发生的开发成本、开发费用，按规定计入扣除计算征收土地增值税。
股东将持有的企业股权转让，企业土地、房屋权属不发生转移，不征收土地增值税。
3.《广东省地方税务局关于广东省云浮水泥厂转让股权涉及房地产是否征税问题的批复》(粤地税函〔〕65号)、《广州市“三旧”改造涉税*策执行指引》
企业转让股权涉及房地产的，不予征收营业税和土地增值税。
4.福建省地方税务局网上回复
国税函[]号文件属个案批复，未抄送我省。按《土地增值税暂行条例》及其实施细则规定，切实属于纯股权转让的原则上不征土地增值税。具体须根据实际运作情况由当地主管地税机关判定。
5.渝地税发[]20号重庆市地方税务局在年发布的《重庆市地方税务局贯彻重庆市人民*府办公厅关于落实涉企*策促进经济平稳发展意见的通知》
第一条第六款规定，企业发生股权变动，未导致房地产权属转移，不征收土地增值税，企业后续转让房地产，按土地的历史成本确认土地增值税扣除项目。
二、学习心得：
前述国家税务总局批复、各地税务局*策规定可见，股权转让是否在转让时即被征收土地权属转移相关税费，规定不一。但一次性转让目标公司全部股权或者一揽子交易构成转让全部股权的，且上述股权背后资产主要是土地使用权、房屋等财产时，土地使用权等于全部股权价值的，在股权转让时，可能被穿透，直接认定需缴纳土增税等相关税费。由于股权变动引起企业法人名称变更，并因此进行相应土地、房屋权属人名称变更登记的过程中，土地、房屋权属不发生转移，不征收契税。
对于以股权转让方式转移土地使用权是否缴纳土地增值税，各地税务机关*策执行存有差异，企业在进行相关股权交易架构设计时，应充分考虑当地*策执行情况，综合测算税负，发生争议时，积极与税务机关沟通。
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